有些樣品嚴重干擾鱟試驗生化反應，甚至使反應不能進行。這就需要采用特殊方法對樣品進行預處理。
1 稀釋法
相當大一部分樣品的干擾因素在一定濃度下才起作用，把樣品適量稀釋后即可按常規(guī)方法測定。如甘露醇、慶大霉素、人血白蛋白、肝素鈉和維生素C等注射液等。
2 加熱法
有些干擾因素為不耐熱的物質(zhì)，將樣品在適當溫度下保溫一段時間，即可按常規(guī)方法測定。如某些血液制品和生物藥品等。
3 調(diào)整pH值法
有些樣品PH值偏高或偏低，且鱟試劑中pH緩沖劑不能將反應液調(diào)整至正常范圍。這時可用預先處理并已確認無菌無熱原的鹽酸或氫氧化鈉液調(diào)整樣品液pH。然后按常規(guī)方法測定，
如氨基酸注射液。
4 超濾─反沖法
一般中草藥注射液成份復雜，干擾因素較多，難以用普通方法加以消除，即可用超濾法。取樣品適量，進行超濾，樣品藥液全部壓濾通過濾膜，內(nèi)毒素被阻濾在超濾膜片上，再取少量無熱原水沖洗濾器、濾膜。卸開濾器，將超濾膜反向放置濾器上，嚴密固定。再用無熱原水將內(nèi)毒素從超濾膜上沖至一量瓶中，精密加水至刻度。沖洗液按常規(guī)方法測定。
5 固體樣品
若固體樣品為可溶性物質(zhì)，用無熱原水溶解，按上述方法進行干擾樣品試驗。
手術(shù)器械、一次性輸液器等固體物品的內(nèi)毒素測定，用適量無熱原水按規(guī)定方法浸泡或沖洗即可。內(nèi)毒素的水溶性較大，器具內(nèi)表面或外表面的內(nèi)毒素經(jīng)適當時間、適當溫度浸泡或沖洗，即可溶入液體，按常規(guī)方法測定。
對于復雜樣品還需將上述各法聯(lián)合應用。但不管單獨用其一法，或二法、三法聯(lián)用，在操作過程中均有可能出現(xiàn)抑制或增敏等干擾作用，使測定濃度高于或低于實際濃度，這時必須做回收率實驗，并根據(jù)測得的回收率求算內(nèi)毒素的實際值。
同目前國前國內(nèi)外各實驗室對干擾樣品的試驗報導結(jié)果差異很大，這是很正常的。因為國內(nèi)外尚無規(guī)模細菌內(nèi)毒素定量測定技術(shù)，為此從定量測定的技術(shù)高度來規(guī)范樣品的干擾試驗是不可或缺的。